教育部於107年推動「高等教育深耕計畫」，幫助學校提升校務發展並提升國際競爭力，該計畫5年為1期。教育部近期公告該計畫111年度經費分配，台灣大學獲得新台幣23.25億元穩居第一，後續依次為成大、陽明交大、清大，這是深耕計畫第1期的最後一年，明年起將進入第2期。
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高教深耕計畫每5年為1期，核心在於「全面性提升大學品質及促進高教多元發展（維護學生平等受教權）」及「協助大學追求國際一流地位及發展研究中心（強化國家國際競爭力）」兩部分。第1期5年將於今年12月到期，教育部日前公告最後一年補助經費。
台大獲23.25億元仍為高教中最多，其次是成大14.11億，陽明交大獲13.9億元補助、清華大學獲12.03億，中興大學則以4.3億排在第5。其中交大去年獲10.45億元、陽明大學獲3.44億元，今年兩校合併為陽明交大，獲得的經費大幅度成長，並成功超車清大。
技專校院部分，高雄科技大學107年由3所科大合併，學生規模僅次於台大，其獲得3.97億元，為最多，其次是台灣科技大學獲3.14億元，台北科技大學獲2.46億元，排第3。
私校部分則以台北醫學大學獲得2.69億元為最多，崑山科技大學獲2.11億元，中國醫藥大學獲1.96億元。
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另外，對於停招或被列為專案輔導的大專校院，教育部仍給予補助，包括首府大學獲得727萬元、中州科大514萬元、大同技術學院252萬元，宣布停辦的蘭陽技術學院也有71萬元。
明年起高教深耕計畫將進入第2期，第1期共編列經費836億元。教育部長潘文忠日前在立法院表示，高教深耕計畫第2期會延續，且經費會再增加、不會低於第1期。