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根據美國最高法院組成的調查小組報告指出，甘迺迪是被獨自犯案的歐斯華所槍殺，而歐斯華在被警方逮捕的兩天後也被槍殺身亡，因此美國民眾普遍不相信這個官方的調查報告，認為另有陰謀。
包括美國聯邦調查局（FBI）、中央情報局（CIA）與副總統詹森（Lyndon Johnson）都被懷疑是幕後黑手，甚至是古巴政府也被懷疑，因為美國政府曾在1961年暗助逃亡美國的古巴人登陸豬玀灣，試圖推翻卡斯楚政府，但這場入侵行動最後以失敗收場，甘迺迪又在1962年派出軍艦封鎖古巴，以懲罰蘇聯在古巴部署飛彈。
關於甘迺迪遇刺的陰謀論作品相當多，最著名為大導演奧利佛史東（Oliver Stone）1991年拍攝的電影「誰殺了甘迺迪」（JFK），極度偏向事件背後有陰謀指使，之後民眾要求披露密件的聲浪高漲。1992年美國國會通過法律，允許甘迺迪案密件公開以來，已有數百萬份文件公諸於世。
不過，根據法新社報導，目前仍有3100份文件尚未解密，必須等到25年後才能公開，26日將是解密的最後期限，如果川普沒有改變心意，這些塵封檔案將在26日全數公開。
