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吳茂昆指出，他仔細看過吳誠文的聲明，吳認為，因為校長遴選沒訂出一個很好的遊戲規則，所以要回來，吳沒有意願，而王汎森連回應都沒有，顯示他對這次遴選非常失望。他說，清華大學第一次遴選校長時，自己曾是全台第一位參加遴選委員會的科學家，那次跟這次「是一個很不一樣的過程」。
而針對國立大學校院協會聲明指出，基於大學自治精神，政府不應該干涉遴選結果，吳茂昆強調，從沒有干預大學自主，遴選不是選舉，是找出一位最好的人，來領導我國最高學府，這個人的很多標準需要被檢視，不過目前看來，很多跡象、事證在遴選過程中，並沒有做得很完備，這就違反遴選委員自己訂的規則，即非常重要的「學術誠信問題」，因此這個最後結果，「我們當然不能接受」。
此外，對於台北市長柯文哲28日表示，以台大外科教授身分發表看法，教育部駁回管中閔任台大校長遴選案，是「嚴重侵犯大學自主，不曉得是那個白癡決定這政策，要檢討一下」，吳茂昆僅用14字回應：「他也許是不了解整個事情的內容」；最後更語出驚人的說，「學術沒有真正的民主」。
