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柯志恩質疑，吳部長還以東華大學校長身分擔任「國立海洋科技博物館新建營運移轉（OT-BOT）案」的「協調委員」（ 2015 年 8 月到2018年 8 月）。此興建工程即委託慶富集團的子公司--慶陽海洋企業，原本預計斥資 15 億元興建、興建經營海生館，並向土地銀行、高雄銀行等 5 間銀行聯貸 9.5 億元。或許因慶富挪用慶陽興建海生館的專款，導致工程嚴重落後，到預定開館日，現場只見地基，實際工程進度不到 25 ％，最後慶陽違約跳票，本案失敗收場，也造成土銀損失將近 5 億，去年 12 月經監察院調查後，對土銀和海科館均提出糾正。
柯志恩指出，依「國立海洋科技博物館協調委員會組織章程」，為解決契約爭議，海科館和慶陽雙方各推2名代表人，並經雙方同意協調，選任3名公正人士，共7人組成協調委員會。
柯志恩說， 2015 年 8 月，大約是吳茂坤汲汲營營於到美國成立師沛恩公司並準備前往大陸申請專利之際，只能說，當時的吳校長真的好忙呀！只是不知他擔任「協調委員」的身分，究竟是慶陽的 2 名代表之一，還是雙方共推的 3 名公正人士之一？
柯志恩表示，若是前者，可看出吳茂坤真的古道熱腸，對慶富集團愛護有加、居間協調，若是後者，則讓人質疑他是否「假公正」？亦即名為「公正人士」，實際與慶富關係匪淺，對於契約另一造海科館，知不知這位國立大學校長背後的關係，且真的是公正之人呢？
柯志恩質疑，吳茂坤身是慶富集團相關基金會董事，又擔任慶富子公司的協調委員，如此熱衷於為慶富排難解紛，他本身有無令人高度疑慮的道德問題？究竟是「真出力」還是「假公正」？口口聲聲以道德責人的吳茂昆該不該自清一下？
