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馬英九強調，外界都說是他關陳水扁，但他一定要澄清一下， 2006 年陳水扁因為國務機要費案遭查，他當時還只是台北市長，而當時扁是總統有刑事豁免權，但扁嫂吳淑珍就已經被起訴，等到 2008 年扁卸任以後，檢察官才開始追溯案情，所以不是他關陳水扁的，是扁任內的檢察官辦案的。
對於公布光碟的建議，馬英九說，他在（本月） 13 日時就質疑為什麼不公布錄音檔呢？當時北檢回應說要請法院來勘驗，但北檢起訴書共有760頁51萬字，其實也可以公布錄音，這樣外界就可以了解是不是有斷章取義的狀況。
至於四年前特偵組用行政簽結三中案，而非不起訴，馬英九表示，行政簽結用的很廣泛，但不起訴是需要新事證才能再起訴，所以行政簽結後往往又被起訴了，這是他第三次遇到行政簽結，包含洩密案、三中案等，最近北檢把大巨蛋案也簽結了，他一點感覺也沒有，不曉得過兩天又來了（被調查），所以這是一個很大的問題。
