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屏科大植物醫學教學醫院建置有掛號櫃台、病歷資料室、診斷室、檢驗室、植物醫學諮詢室及植物醫學教育室。目前農委會支援2名實習植物醫師,負責門診及電話掛號、初步診斷及療癒諮詢,下鄉田野診療安排。大三、大四及碩士班醫學系學生每學期的專作及診療實習,都安排時間進駐教學醫學實習及田野實習,以完成完整的植醫臨床診療實務訓練。
植物醫學教學醫院的運作除教學外,也重視農民栽培作物的疫病蟲害診療服務,為作物的健康把關。實習植物醫師陳約文表示,現在農民使用藥物或是田間發生問題,習慣上都是直接找農藥行,農藥的控管和使用不一定正確,未來,有執照的植物醫師就能為農民診斷。
該校植物醫學團隊已與屏東縣萬丹鄉農會(紅豆產業)地區特色產業合作,屏科大的實習醫師在萬丹鄉駐點,輔導農民控管農藥,協助重要疫病蟲害監測,提供農民「及時疫情」,降低化學農藥的使用頻率與使用量,推動生產履歷制度,鼓勵友善或有機作物生產,使農村的生態更穩定,環境更健康。