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海軍表示，查證媒體報導有關早期德國、俄羅斯、韓國及印尼潛艦專用船廠均由政府出資興建，海軍辦理潛艦國造，於台船公司設置潛艦專區提供潛艦建造，是屬於國家財產，首艘原型艦以總價承攬方式執行，未有任何圖利台船情事，且與慶富公司獵雷艦案完全不同，籲請媒體勿混為一談妄加報導，誤導國人視聽 。
海軍司令部指出，台船公司係經濟部業管公股民營化企業，根據國有財產法第一章第三條規定，針對潛艦建造專區土地隸屬交通部所有，相關廠庫設施由海軍編列預算建置於國有土地上，產權均屬國家，後續將就廠房設施運用規畫相關權利義務，納入合約規範，在立法院監督下本案依法依約執行，請國人多加支持國防產業重大建設。
國防部發言人陳中吉27日例行記者會上表示，潛艦國造是非常重要的政策，感謝昨日立院預算審查時，立委們的指教，針對委員們的質疑，海軍會再跟委員們再度溝通與協調，後續規範也會依據政府相關法規執行，陳中吉也再度澄清，潛艦國造與慶富案絕對不能相提並論，兩個案子過程完全是不一樣。
▲台船2018年高雄海事展展出的國造潛艦模型（圖／記者呂炯昌攝）