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時間進入了21世紀，經過約20年的磨練後，京都動畫終於累積足夠的經驗、可以完全獨立打造一部動畫作品。2003年，首部完全由京都動畫一手操刀的《驚爆危機：校園篇》正式推出、並獲得空前巨大的成功。即使把當年的作畫和劇情放到今日來審視，《驚爆危機：校園篇》依舊是一部一流的作品。也因為《驚爆危機：校園篇》的成功，讓動畫迷們開始記住了「京都動畫」這個名字。
不過讓「京都動畫」這塊招牌響徹日本、甚至是全世界的，則要歸功於2006年、改編自輕小說的《涼宮春日的憂鬱》了，《涼宮春日的憂鬱》動畫大膽的採用「亂序播放」方法，加上優異的作畫、聲優與編劇，讓作品推出後就大受好評。片尾曲《ハレ晴レユカイ》的舞蹈更是在日本、甚至是全世界造成「社會現象」。
隔年京阿尼（粉絲對京都動畫的暱稱）以《幸運星》再次向世界展現他們的實力，原先只是平凡的四格漫畫，但是經過京阿尼動畫改編之後，立刻讓原作漫畫銷量翻了好幾倍。2009年的《K-ON！輕音部》也讓不少台灣國高中生看了燃起想學吉他的念頭。再來是後續的《中二病也想談戀愛》、《Free！》、《吹響吧！上低音號》等，都讓粉絲有著不一樣的感動。
近年，京阿尼也積極向動畫電影努力，包括2010年《涼宮春日的消失》、2016年《聲之形 劇場版》、2018年《莉茲與青鳥》等，明年更預計推出《紫羅蘭永恆花園劇場版》，向粉絲展現出京阿尼不只是會作TV動畫，長達1、2小時的長篇動畫電影對他們來說也是小菜一疊。
但是19日遭到縱火的建築，卻是當今京阿尼聚集最多菁英的第一工作室，許多創造出上述知名作品的監督、原畫等幕後人員，例如《涼宮春日的憂鬱》、《幸運星》監督武本康弘等人才，都極有可能被捲入這場火災之中，不僅對京阿尼造成重大打擊，對於日本動畫界來說更是慘痛的損失。
據了解，18日當天由於NHK記者預定前往採訪，因此工作室內的員工比平常還要多，為了方便進出也臨時把門禁卡取消，但就是這麼一連串的巧合，才讓嫌犯有機可乘，造成33死、40多傷如此嚴重的慘劇，而且連許多動畫的手稿等珍貴資產，都在這場火災中化為烏有。
京都動畫成立近40年，這期間內他們帶給了許多喜愛動漫粉絲夢想、喜悅、滿足以及希望。許多粉絲也自發性的募資活動、並在網路上加油打氣，希望他們喜歡的京阿尼可以度過本次難關，在未來繼續創造出帶給他們歡笑的動畫。
