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王昱鈞指出，補助學習津貼採用學校配合款形式，對於要自籌許多經費的學校來說，恐會有龐大的支出壓力，也因此博士生申請獎助學金恐怕受阻，使科技部利益良善的政策無法實行，讓學生看得到吃不到。
高教司說明，針對台大研究生協會對於校方自籌款的無法支出而造成學生權益受損的疑慮，教育部會再發文提醒並鼓勵大學共同支持，因此無須憂心計畫因配合款問題受阻，另外，教育部在高教深耕計畫108學年度增編13億元，學校也能以這筆經費作為博士生補助款項來源。
發起學生團體呼籲，教育部應該以高等教育管理機關以身作則，承擔另一半的獎學金預算款項，並與學生重新對話，檢討現有制度，高教司回應，教育部將邀請科技部、經濟部及大學共同籌組溝通平臺並廣納各界建議，並就高階人才培育的發展及所面臨問題共同進行溝通研商。
