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針對總預算案，原先各黨團總共提案數高達2,473案，經行政部門連日積極與各個提案的立院辦公室溝通，以及兩天兩度的朝野協商後，完成通案及大多數提案處理，朝野決議通案刪減1.17%，無共識的提案也僅剩約40案訴諸表決。歷經2個多小時的表決大戰下，立法院長蘇嘉全敲下議事槌，宣布今年度中央政府總預算案三讀通過。
109年度中央政府總預算案行政院歲出原編列2兆1021億元，經立法院審議後，通案刪減1.17%，小刪246億元，改列2兆0,775億元。整體預算較去年多刪減6億元，其中包含政令宣導費刪減約1.41億元、大陸地區旅費刪減2,520萬元等，而歲入同為2兆1,022億元，這是近22年來首度達到收支平衡。
針對引發爭議的數位身分證相關預算，內政部原編列4億2,768萬元，但在野黨相繼提出刪減及凍結案，經表決後，凍結約4,276萬元，待內政部向立院內政委員會提出專案報告，經同意後得以動支；而國民黨團所提的促轉會、黨產會相關預算凍結及減列案，經表決後則均未通過。
