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才過兩天，台灣就出現了第2個確診個案，一名武漢遊客確診，後續也出現男台商同樣從武漢返台後發病確診。為了防堵武漢肺炎疫情擴散，疾管署也在1月26宣布全面禁止陸客來台，同一時間加拿大也出現確診個案，隔日則是出現第5案例。
1月28日下午，指揮中心則又公布了2個確診案例，是同樣來台自由行的武漢旅客，並在同一天晚間，公布第8例確診個案，即是第5例個案的丈夫，也成了台灣第一起的家戶感染，指揮中心也將大陸旅遊疫情建議，提升到第三級「警告」。
1月29日開始，為了有效掌握確診個案的接觸者，指揮中心宣布開始用電子監控的方式，發放手機來定位追蹤，並且每日以電話或視訊方式，關懷居家隔離的民眾。教育部也宣布，陸生延後到2月9日後入台。
