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聯醫工會監事王姿涵認為，聯合醫院目前盈餘分配大有問題，應廢除「小金庫」制度，絕不應該先砍基層津貼，且此次遭砍的「非醫師員工個人績效獎金」只佔盈餘5%，而佔盈餘比例高達3成的「聯合醫院統籌費用」，也就是俗稱的聯醫小金庫，其支出項目包含教學研究費、行政管理費、實驗性與公衛醫療項目等，用途繁雜難以監督，且以性質而言，此應為醫院支出而非盈餘分配。
王姿涵指出，「聯合醫院統籌費用」故有其法源，但當醫院將固定支出轉移至浮動的盈餘分配時，實際的效應變排擠應分配給員工的績效獎金，造成成本轉嫁給基層勞工，建議台北市政府應修改相關規範，導正聯合醫院以「小金庫」規避議會的監督，並將成本轉嫁給員工的承擔財務運作方式，而實驗性、公衛醫療項目，也不可油浮動的統籌款支付，應列入醫院固定支出成本。
聯醫工會向院方提出四項訴求，包括請北市聯合醫院盡快與工會協商、返還全院扣薪，恢復原獎金制度、拒絕院方將營運成本轉嫁基層勞工，以及請院方重新檢討成本及獎金結構，應屬成本費用的研究經費、行政管理費用、公衛醫療項目開發等項目，是否不應以獎金性質（「統籌款」）發放，而應列入固定成本支出。
另外，聯醫工會也向台北市政府與衛生局提出兩項訴求，包含請台北市政府衛生局正視「做越多、錢越少」的反績效狀況，北市府應修改相關規範，導正聯合醫院以盈餘代替成本，來規避議會的監督，並將成本轉嫁給基層勞工之財務運作方式，請柯文哲全力避免扣薪導致聯醫離職潮，造成醫療人員過勞，損害市民健康權益。
北市聯醫緊接著也召開記者會，北市聯醫副院長黃遵誠指出，自103年起依台北市長柯文哲指示改善待遇，直至108年來已陸續調薪6次，一共增加4億餘元，以約用護理師為例，108年每月薪資較103年增加8138元，調薪幅度達22%。
黃遵誠表示，公家醫院員工薪資與績效獎金是分開計算，員工薪資近幾年從未調降，反而持續成長，至於為何調降非醫師人員績效獎金，是因大環境不佳，考量院方盈餘可能無法增加，才會暫時調整，若盈餘增加，就會核實發還給員工，且目前已通知工會，會盡快與工會協商。
黃遵誠強調，聯醫沒有小金庫，「聯合醫院統籌費用」使用用途共八項，包含執行政策任務獎勵、研究與人才培育費用、醫師到社區看診等，但這一塊統籌費用屬於獎勵，至於這八大用途，分別播至北市聯醫各分院。
針對工會質疑沒事先告知調整獎金，黃遵誠說，由於五月下旬才公布健保點值，時間相當緊迫，6月10日有緊急召開說明會，對於盈餘沒有更早透明讓大家清楚，他感到相當抱歉。
