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才過兩天,台灣就出現了第2個確診個案,一名武漢遊客確診,後續也出現男台商同樣從武漢返台後發病確診。為了防堵武漢肺炎疫情擴散,疾管署也在1月26宣布全面禁止陸客來台,同一時間加拿大也出現確診個案,隔日則是出現第5案例。
1月28日下午,指揮中心則又公布了2個確診案例,是同樣來台自由行的武漢旅客,並在同一天晚間,公布第8例確診個案,即是第5例個案的丈夫,也成了台灣第一起的家戶感染,指揮中心也將大陸旅遊疫情建議,提升到第三級「警告」。
1月29日開始,為了有效掌握確診個案的接觸者,指揮中心宣布開始用電子監控的方式,發放手機來定位追蹤,並且每日以電話或視訊方式,關懷居家隔離的民眾。教育部也宣布,陸生延後到2月9日後入台。