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主祀三府千歲（朱、池、李），有別於一般王爺千歲信仰，這裡的主神來源有幾個說法。一是三位王爺為擅長音樂的義兄弟，名氣大到被邀請至皇宮表演，怎麼想到文武百官聽了竟然癡迷到昏倒，皇帝大驚以為三人是妖怪化身，便下令將祂們斬首。（技術太好錯了嘛！）玉皇大帝知道後，可憐祂們的遭遇，封祂們為王爺，下凡稽查人間善惡。另一個說法則是學者民間普遍認為最為可信，祂們就是鄭成功、鄭經、鄭克?。因為鄭成功曾被賜與明朝國姓朱；鄭克?死後被丟入海中但不沉，池拆開就是水也；鄭經則是台語李與二的發音相似。為什麼要如此隱諱的祭拜呢？反清復明是多麼敏感又禁忌的字眼，即使只是懷念都可能為自己引來殺身之禍，只好將鄭氏三人隱藏在王爺之中，才能夠正大光明的祭拜。這一個說法來自《台灣通史》，也獲得石萬壽、蔡相煇等學者支持。
東門大人廟的重要不僅在於鄭氏三人，其文物也是相當值得留存。門神為知名畫家潘春源的作品，其子也是知名廟宇畫家潘麗水，壁畫則是知名畫家蔡草如繪製，大天后宮贈與爻占九二匾額懸於殿中，以及多次搬遷卻還存在的藻井。可惜的是這些珍貴文物隨著信仰落寞而疏於維護，早已成為蛀蟲們的大餐。政府已介入處理，且信眾自行籌組相關組織，正努力恢復往日風華。
資料來源：
全國宗教資訊網－王爺千歲
維基百科－東門大人廟
台南
國姓爺
東門大人廟
王爺千歲
鄭成功
