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在玉二聖母前往內庄時也發生了一件大事，當時神轎與信眾在回駕山上天后宮要通過曾文溪時忽然下起大雷雨，溪水暴漲，眾人都緊抓著玉二聖母神轎，但這場雨來的太急太快，暴漲的溪水讓大家無法回頭，只能勉強渡溪，大家都緊抓著神轎，只要有人快被淹沒，神轎就會自己晃動將被淹沒的信眾拉出水面，最終眾人在玉二聖母的庇佑下安全渡溪。又過了數日，玉二聖母再度來到內庄，並指示將符化入井水之中，不久後井水就漸漸清澈，內庄的瘟疫就此解除。
玉二聖母回駕山上天后宮，隨即降駕表示，自己這次出手解除內庄的瘟疫已犯天規，須受懲罰，並交代山上天后宮的廟方人員將自己的金身放在神轎上，再將神轎停放於廟內天井四十九天，受風吹、日曬、雨淋，在這四十九天內無論發生什麼事都不能管，金身上的水珠也不可擦拭，直到四十九天後，眾人才將玉二聖母金身與神轎收起，對玉二聖母的信仰也更加的堅定了。
為何救人會犯天條，若以台灣常見的民間傳說來看，當時發生瘟疫造成人命傷亡是天註定，只要有人或神明出手干預就是擾亂因果，那麼這些命中注定要在災難中身亡的人的劫難就會轉到出手干預的神明身上。但由此也可知玉二聖母慈悲，寧願自身承受因果也不願百姓受苦，才會在信眾心中有著如此重要的地位。（編輯：黃彥昇）
資料參考：
維基百科－山上天后宮
簡辰全等，《南瀛神明傳說誌》，台南縣政府。
