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案件上訴後，尤振仲仍維持「無罪」答辯，主張列車到了大溪時發現列車故障，他已無意願繼續行駛列車，檢查員叫他關閉ATP重新檢查，他關閉後就沒有再開啟過。
同案被告台鐵時任機務處副處長柳燦煌、綜合調度所所長吳榮欽，一審均獲判無罪，檢方上訴後，2人也作無罪答辯。
尤振仲等被告律師團向高院聲請調查，「傾斜式列車」的採購與驗收過程，質疑傾斜式列車走北迴線路段，是否得以安全無虞使用，也聲請調查列車的規格、品質、製造是否符合法規要求等。
公訴檢察官認為，六項調查證據，無非是想證明列車設計有瑕疵跟員工教育訓練不足，但今天列車設計再完美，駕駛不注意一樣會出車禍，認為沒有調查必要。
運安會調查，2018年10月21日下午4時許，主風泵已故障的6432次普悠瑪列車在駛入新馬站前彎道，因尤振仲一直沒有發現列車故障主因是主風泵，反誤認是自動防護系統（ATP）異常導致列車13次減速、停車，在普悠瑪失速出軌前，他關掉ATP急煞仍救不回時速高達141公里的「失速列車」出軌翻覆。
有8節車廂翻覆、擠壓成W字形，釀18死、288傷。其中，北上參加婚宴的台東董家17人出遊，就有8人罹難。
