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彭明敏於長崎長兄家療傷時，更親眼目睹美軍對長崎投擲原子彈的歷史事件。他曾在自傳中提到，原子彈爆炸後果實在難以描寫，有些水泥建築物仍屹立著，但是，裡面所有木料和其他易燃物都在頃刻間化為烏有。
內容還寫到，據說在學校教室內，從整齊排列的白灰燼所在可以看出在死亡瞬間正坐在書桌旁的每一個學生。熱度竟有那樣強烈。大部分的醫科學生都罹難，其中包括4位曾經慷慨輸血給我的台灣留學生。
1964年彭明敏與學生魏廷朝、謝聰敏發表「台灣人民自救運動宣言」，遭國民黨政府逮捕，判刑8年，最後獲得特赦但仍遭到嚴密監視。彭明敏事後也逃亡到瑞典、美國，直到1992年返台。
1995年彭明敏加入民進黨並宣佈正式參選總統，彭明敏經過2階段初選後勝出，成為為民進黨提名候選人，並指定曾角逐台北市市長初選失利的時任立委的謝長廷為副總統參選人，以「和平尊嚴、台灣總統」作為選舉號召，最終敗給國民黨候選人李登輝。
彭明敏1997年退出民進黨、2000年出任總統府資政。2019年彭明敏與另3名綠營獨派大老，建請蔡英文放棄連任，交出行政權，退居二線，這被外界認為是為2020年賴清德的總統大選鋪路。
不過，蔡英文在民進黨的總統初選勝出後，蔡英文親寄賀卡祝賀彭生日，賀卡提到，「親愛的彭教授，您的人格和叮囑，時時提醒後輩，我會謹記在心，為台灣的主權尊嚴和民主自由更努力更打拚」，此賀卡收錄在彭明敏晚年著作「絕筆集」中，顯示雙方已破冰。
