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有些家長害怕心肌炎造成後遺症，施奕仲分析：「依據國外青少年打疫苗的統計數據，即便出現心肌炎、心包膜炎的副作用，大於99%以上的個案都會健康痊癒的，僅有極少數本身是第一型糖尿病患者、過度肥胖、先天性心血管疾病的青少年因此死亡。而兒童打疫苗後的風險相對於青少年更是低很多，就公共衛生角度來看，接種疫苗還是利大於弊。」然而不可諱言的，儘管發生機率極低，對於發生個案而言，是0與1的不同，也讓家長很兩難，但如果選擇不打疫苗，若不幸染疫，發生心肌炎的風險可能更高！因為新冠病毒也可能攻擊心臟肌肉造成心肌炎，國外資料顯示，有萬分之個位數的確診青少年產生病毒性心肌炎，其發生率比起因疫苗而引發的心肌炎，高出十至百倍的差距。施打疫苗可以說是一種以小風險博大風險的做法。
不少國家目前已經開始對兒童接種新冠疫苗，但廠牌略有不同，美國開放5-11歲兒童接種BNT疫苗，加拿大及澳洲則是BNT、莫德納疫苗都開放兒童接種。施奕仲說，兩種疫苗學理上雖沒有太大差異，但在臨床試驗、適用的歲數、劑量都不同。莫德納疫苗接種在6-11歲兒童的劑量是50微克（成人劑型1/2）；BNT 疫苗接種在5-11歲兒童的劑量10微克（成人劑型1/3）
施奕仲認為：「學理上莫德納與BNT都是屬於mRNA疫苗，並沒有太大的差異，雖然莫德納疫苗副作用可能較強，但抗體生成濃度較高且撐得比其他廠牌疫苗還要久。且莫德納疫苗劑量比BNT疫苗劑量更高，其抗體生成較佳也較持久，副作用也稍大，包含疫苗施打後局部肌肉疼痛、紅腫、全身倦怠、發燒等一般性副作用，都略高於BNT疫苗，而典型心臟的副作用包含心肌炎、心包膜炎等，發生率雖然極低，也確實高於BNT疫苗。魚與熊掌難以兼得，家長可以自行決定做選擇，可考慮是要選擇副作用小、抗體效果差一點的BNT疫苗，還是要選副作用可能較大一點、抗體生成好一點的莫德納疫苗。
美國今年初開放5-11歲兒童接種兩劑BNT，經過真實世界的統計下發現，BNT疫苗對於Omicron保護力大約只剩下3成，雖然看似很低，但對於降低重症風險、縮短病程與症狀的嚴重程度還是有很顯著的改善，同時也能延緩病毒散播的速度，概念像是打流感疫苗，雖不能杜絕感染，但仍可以大幅減低重症、死亡的風險。施奕仲強調，目前對於兒童接種疫苗沒有特殊的禁忌症，只要過去打疫苗沒有引發嚴重的過敏反應、沒有特殊疾病史均可以接種，「只是接種時也要評估一下兒童身體狀況，若有發燒、感冒必須等身體狀況穩定再打疫苗，當孩子在健康狀態下打完疫苗，抗體生成狀況也較佳。」
施奕仲最後提醒，無論是否施打疫苗，平常保持孩童健康生活最重要，一定要有睡眠充足、營養均衡、多喝水、保持運動習慣，才是提升免疫力、保持健康的不二法門。
