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不過，太平島航程已超過空軍戰機航程範圍，所以用運輸機載運特戰隊員登島，在沒有護航戰機陪同下，遇到空中攻擊將會是凶多吉少局面，因此海運方式較為可行。排水量萬噸的玉山艦比照美軍聖安東尼奧級兩棲船塢運輸艦建造，可以運載AAV7兩棲突擊車、LCU與LCM登陸艇、悍馬車與670名武裝士兵，運量十分驚人。
由於空軍戰機無法護航，玉山艦要前往東、南沙執行「衛疆計畫」就必須要有區域防空能力的基隆級驅逐艦隨行。海軍4艘基隆級艦最多可運載68枚標準二型防空飛彈，可有效攻擊153公里之內的空中目標，基隆級艦上雷達與戰鬥系統最多可以追蹤64個目標，是海軍目前戰力最強戰艦。
基隆級艦原為1970年代末期為伊朗巴勒維政府建造的紀德級艦，在1979年爆發伊朗宗教革命與美國鬧翻後，由美國海軍接手使用，除役後於賣給台灣，於2005年陸續成軍。儘管國防部自2018年起編列預算請美方為基隆級艦升級電戰系統，船齡40多年的基隆級艦已逐漸接近服役壽限，面對共軍新一代反艦武器威脅只會越來越吃力，需要新區域防空艦艇接替。
玉山艦若在登陸作戰時，能有陸航攻擊直升機搭配，可對搶灘登陸的友軍提供綿密火力支援，但目前玉山艦尚未完成陸航AH-1W超級眼鏡蛇與AH-64E阿帕契兩款攻擊直升機的登艦訓練，AH-1W曾為美軍陸戰隊使用機種，有起落艦和海上飛行能力，但因陸航與海軍反潛直升機儲放條件不足，無法達到隨艦行動目標。
玉山艦2019年開始建造，期間美方多次來推銷MH-60R海鷹直升機，MH-60R不僅可執行反潛任務，還可以發射飛彈與火箭彈執行對艦與對地攻擊任務，可視為玉山艦隨艦直昇機解決方案之一。但是國防部長邱國正在5月證實，MH-60R反潛直升機因價格過高，已經超出能力範圍，海軍已放棄購買，而海軍現役的S-70C直升機雖然能在艦上降落，但僅具備反潛能力，在缺乏航空兵力火力支援情況下，等於讓玉山艦執行「衛疆計畫」戰力大打折扣。
