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當隊伍走到公園路、館前路段時，主辦單位發動「不核作」運動，模擬核災演習讓全員躺下，造成台北車站周邊交通癱瘓，直到深夜仍有數百人占據忠孝西路。28日凌晨，警方以強力水柱驅離躺在地上的群眾，再出動警力逐一抬人，警民衝突約5個小時，上午7時許才恢復交通。
事後有15人指控，警察用不法手段淨空合法集會民眾，恢復道路交通，造成他們受傷，行政院、警政署、台北市政府、台北市警局等單位，應賠償每人各40萬元。
一審判決，北市府須賠償12名傷者共42萬元，另外，北市警局須賠償其中1人3萬4000元。
案件上訴後，二審認為，集遊法規定，警告、制止或命令解散，需由所在地警察分局為之。反核活動雖經忠孝東、西路派出所所長舉牌警告、命令解散、制止，但非該管中正一分局分局長所為，自不得以強制手段制止及解散。時任北市長郝龍斌在不得以強制手段制止及解散情況下，令警察機關強制驅離，自非合法。
高院認定，行政院、警政署、北市警局非賠償義務機關，不須賠償，但北市府仍須國賠42萬元、北市警局須賠償3萬4000元。
