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衛福部健保署長石崇良指出，依據醫院規模不同，地區醫院若升格為醫學中心，一年的健保申報費用會增加5000萬到1億元不等。
薛瑞元解釋，現行的評鑑分為三個部分，包括「醫學中心醫院評鑑」、「教學醫院評鑑」、「醫學中心任務指標」等，都是在近20年前訂定的標準，但至今基準沒有過大幅改動。
然而，很多醫院都在努力提高評鑑分數、導致各醫療院所的得分越來越接近，只能靠家數限制來做取捨，薛瑞元坦言，現況對台灣醫療品質提升是否是好事，這方面有待討論，但也希望醫學中心醫院評鑑能提高鑑別度，未來的遊戲規則會有較大的改變。
薛瑞元舉例，現行醫學中心任務指標、醫院評鑑等，有要求醫學中心要設立「人體研究倫理審查委員會（IRB）」，因為設有IRB的醫院很少，但現在每間醫院都有IRB，已經不是合適的評鑑項目，有類似情況的標準會進一步修改，朝向提升品質政策邁進，讓想爭取醫學中心醫院有目標可以依循。
此外，薛瑞元表示，醫院評鑑改革將由衛福部次長王必勝擔任召集人，預計2年提出改版初稿、接著讓醫院進行試評，最快可以用於下一輪醫院評鑑，且醫學中心評鑑標準會越來越嚴格，但這一輪醫院評鑑不會受到新標準的影響。
