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2015年11月，馬爾他騎士團元首費斯汀大教長來訪，馬英九頒授「采玉大勳章」暨受贈「馬爾他騎士團最高等級功績領綬勳章」，表彰兩位元首對促進雙方邦誼的卓越貢獻，同年12月，費斯汀於也頒贈大綬大十字功績勳章給我駐教廷大使王豫元，是該團首次頒贈此等級之勳章予無邦交國家的官員。
馬爾他騎士團與中華人民共和國並未建交，2017年3月，馬爾他騎士團對外聯絡主任狄羅比亞特（Eugenio Ajroldi di Robbiate）曾向《富比世》雜誌透露，「基於雙方的合作，我們有信心能與中華民國發展出更深厚的關係」，一度傳出馬爾他騎士團會與中華民國建交。
近年馬爾他騎士團在國際上仍頻為台灣發聲，肯定台灣的醫療實力，支持台灣參與世界衛生大會。前總統李登輝2020年7月辭世時，馬爾他騎士團駐保加利亞大使烏蘇拉·朱柯里（Ursula Zuccoli）也曾公開表達哀悼。
