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在地震發生之後，國土交通省那霸機場事務所表示，因發布了海嘯警報，當地時間上午9時25分起（台灣時間8時25分）全面停止民航機的起降。而待在機場內的旅客、職員以及飛行員則暫時前往機場3樓以上安全的場所避難。
不過隨著海嘯警報解除，那霸機場進行跑道檢查，確認無虞後，便於當地時間上午10點53分（台灣時間上午9點53分）重新啟用，並於中午12點44分（台灣時間上午11點44分）開始恢復客機起降。
全日空已取消從那霸機場、新石垣機場和宮古機場出發的共13個航班。也有部分航班不得不折返回出發機場，或是改降落於其他機場的航班，導致有多達2630名旅客受到影響。
在台灣發生地震後，日本防衛省宣布，已經派出P-3C巡邏機、F-15戰機、U-125A搜救機及UH-60L黑鷹直升機升空蒐集情報，確認是否發生災情。
另據防衛省消息，位於沖繩縣恩納村的航空自衛隊恩納分屯基地，接收了約30名前往避難的居民，宮古島市的自衛隊設施也有收容數人。
在海嘯警報發出後，日本政府也已經在當地時間早上9點01分於首相官邸危機管理中心開設聯絡室。日本首相岸田文雄在會見印尼下任總理後返回辦公室，並聽取海嘯等災害相關報告。後續日本官房長官林芳正也抵達了危機管理中心，並且在記者會上說明受災情況。
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