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刑事部分，一審臺灣臺北地方法院認為，資策會早在2021年即已知情，卻遲至2022年10月才提告，已逾6個月告訴期間，因而判決不受理。然而二審審理後指出，是否「確實知悉侵權事實」須以完成實質比對為準，單憑輿論或初步訊息，尚不足認定已知侵權。法院並依通聯紀錄與相關證詞，認為資策會可能是在媒體報導後才完成比對、確認侵權，因此提告未必逾期。
判決也提到，高虹安在審理中並未爭執論文相似比例達8成與3成以上的比對結果，但主張該等內容為其任職資策會期間參與研究成果，屬「自我抄襲」或合理使用，且未涉及營利行為。對此，資策會律師團則反駁，強調著作權屬於機構，高虹安將研究成果納入博士論文並取得學位，已侵害權利。
此外，相關衍生訴訟仍在進行中。高虹安先前控告陳時奮加重誹謗未果，反遭認定涉誣告，一、二審分別判處10月與6月徒刑，目前仍上訴最高法院審理；另陳時奮對高提出的民事求償案，一審則判敗訴，亦在上訴中。
