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不過後來也傳出，即使沒有宋楚瑜的「臨門一腳」，當時俞國華也會依照議程提案，讓此案通過。這項說法是否為真，尚未有定論，但宋楚瑜自此被歸類為擁李人馬。
李登輝與宋楚瑜當時在政壇的關係十分密合，宋楚瑜因此被「非主流派」貼上擁李派的「兩宋一蘇」標籤。兩宋，當時是指宋楚瑜、宋心濂，一蘇是指蘇志誠。
李登輝雖然在黨內贏了二月政爭，但卻造成了國民黨實質分裂，最後落敗的「非主流派」外流，甚至另行成立新黨。1992年12月19日舉行中華民國第二屆立委選舉，也是首次國會全面改選，國民黨雖然仍取得過半票數，獲得102席，而民進黨得票率首次超過三成，並拿下將近立法院總席次三分之一的51席，讓國民黨在台北市、新竹市、嘉義市、金門縣，都遭受前所未有的嚴重挫敗，身為黨祕書長的宋楚瑜因此扛下「防堵失敗」責任，辭去祕書長一職。
宋楚瑜一辭，馬上被李登輝任命為台灣省政府主席，權力卻更大，十足顯示李宋關係之交好與穩固。1994年省長民選，李登輝更大力支持宋楚瑜。之後宋楚瑜全省跑透透，聲望如日中天，當選後聲勢繼續看漲，卻意外讓李宋關係轉惡，李登輝之後在1998年裁示「凍省」，雙方關係交惡。
遭凍省的宋楚瑜當時的聲勢仍如日中天，許多人大嘆可惜，宋之後宣布挑戰2000年總統大選，希望為自己掙出一片天，但隨即在1999年12月爆發轟動政壇的中興票券案，簡稱「興票案」，堪稱是宋楚瑜聲勢由盛轉衰的關鍵事件。
宋楚瑜在當年12月14日，首次對其子名下財產發表聲明，透露他是奉國民黨主席李登輝指示，成立「祕書長專戶」做為照顧蔣經國在美國後代及國民黨各項黨政運作。不料，李登輝隔天隨即駁斥，甚至指宋楚瑜是「侵占國民黨黨庫公款」，國民黨也向檢察官正式告發，讓興票案正式進入司法程序。2000年2月16日，國民黨正式遞狀控告宋楚瑜侵占三億六千萬元黨款。
李登輝歷經「凍省」和「興票案」與宋楚瑜幾近決裂，但付出的代價是「連宋相爭2000年總統大選，讓陳水扁漁翁得利」，開票後，國民黨失去政權，李登輝被迫卸任國民黨主席，由連戰接任。
2003年9月，李登輝寄交「陳明狀」給北檢，聲明當年沒有授權宋楚瑜開祕書長專戶，強調宋楚瑜是私刻印章開戶、侵占公款；李登輝在10月22日還以證人身份，親自到北檢出庭作證興票案。
敗選後的宋楚瑜，繼續多次參選仍出師不利，宋之後一度宣布退出政壇；直到2009年4月，宋楚瑜與李登輝在決裂近10年後，兩人在李登輝於翠山莊的寓所才再度見面，嘗試修好。
李登輝到底如何評價他與宋楚瑜的關係？李登輝在2013年曾受訪表示，宋楚瑜「很好」，當省長時也做了不少事，他應該要公平地說。李說，當時宋楚瑜「真拚、真認真、真優秀」，但宋楚瑜當時若對凍省能稍微忍一下，事情會比較妥當。
李登輝當時表示，宋楚瑜有一項錯誤，「因為台灣不是台灣省，台灣是一個國家才對」、「中華民國已經遷移到台灣了，哪還有個台灣省？這就不對了，憲法應該要改，把台灣省廢掉，中華民國只在台灣而已，又沒有管所有的中國，那邊已經被中華人民共和國管了」。
李登輝當時向記者說，廢省後，宋楚瑜沒辦法當省長，心情不好，「我應該跟他說明」。李也稱讚宋楚瑜當時做得不錯，「很有那種派頭」。當時記者問，最近兩人是否見面？李登輝回答，宋楚瑜原本說要來找他，但宋去了美國，因為太太過世心情不好，若心情好了，會再來見他。
李登輝與宋楚瑜的恩怨錯綜複雜，李登輝最後在2020年7月30日過世，宋楚瑜隔天31日下午現身在台北榮總懷遠堂，親自向李登輝表達哀悼之意。
