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對於TNvR的施行效益，林怡君認為，如果源頭管理不做好、才會需要不斷進行流浪動物絕育。雖然TNvR有機會做到減少動物繁殖，但是後續還是會衍生很多問題，例如收容或流浪動物的生活品質不好，而環境中仍有游蕩動物，可能造成糞便汙染、或是人畜共通傳染疾病等問題。
此外，TNvR中的v是指注射狂犬病疫苗，但是只要是溫血動物其實都有機會感染狂犬病，「流浪動物游蕩在淺山區跟人類的社區中，是否造成另一波狂犬病感染呢？」近期也在苗栗發現鼬獾感染狂犬病，令人質疑究竟TNvR是否有效。
台灣防止虐待動物協會執行長姜怡如強調，實施TNvR這麼久以來，要檢討的是既然中央及地方政府都有進行相關補助，但為何成效仍不符期待？
姜怡如認為，進行高強度的TNvR、在最短時間內絕育最多數量的動物，才能預防繁殖，「現在是這裡做一點、那邊做一點，沒有被統整」，因此政府應檢討現行的補助計畫跟政策，讓TNvR更有效，也應該訂出政策目標，例如幾年內要解決流浪動物數量過多的問題。
除了TNvR的執行成效需要進一步檢討之外，「餵養問題」也是爭點之一，因為若讓民眾對流浪動物進行餵食，在TNvR目前的執行效果有限之下，可能導致犬隻的壽命延長併進行繁衍，甚至侵害野生保育動物。
針對餵養問題，林怡君指出，應減少流浪動物的餵養，因為餵養會增加環境對動物的容許量，而且藉由餵食的動作，甚至可能影響野生動物的習性，這也是為何世界動物衛生組織提倡避免餵食。
姜怡如則認為，不可能完全禁制人民餵養動物，「流浪動物的族群管理一定要關心到個體動物的福祉」，既然無法完全禁止，更有效的做法應該是去管理餵養行為，透過餵養作為誘捕、管理的手段，應該是可行的方式。
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