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第二項重點為加速政治檔案開放應用，調和條例與《國家機密保護法》、《國家情報工作法》法律適用。國發會表示，內容包含涉及國家情報來源或管道依《國家機密保護法》核定為國家機密之政治檔案，原件暫不移轉，但應將該機密部分分離後，以複製品併入原卷移轉國發會檔案局開放應用。同時增列屬國家機密之政治檔案，除有特殊情形外，至遲屆滿40年解密。另刪除以嚴重影響國家安全或對外關係之虞限制應用50年；增列不得依《國家情報工作法》限制檔案開放應用。
第三項重點為強化檔案當事人權益保障，國發會表示，增列主動通知檔案當事人申請私人文書返還；而增列檔案中如涉及高度個人隱私，應主動通知檔案當事人得行使檔案優先近用權、加註意見附卷權及檔案是否同意他人應用權；另明定非檔案當事人申請應用及政府機關構檢調涉及高度個人隱私之檔案，除產生已屆滿70年、檔案當事人死亡或經檔案當事人同意外，應分離該隱私部分後提供應用。
國發會指出，針對本次部分條文修正草案，將積極與立法院朝野各黨團溝通協調，期盼社會各界支持，儘速完成修法，以周延政治檔案開放應用，實踐轉型正義。
