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三讀條文規定，國家太空中心設董事會，置董事11人至15人；置監事3人至5人。董事、監事任期為3年，期滿得續聘一次。國家太空中心心置董事長1人，由監督機關就董事中提請行政院長聘任，解聘時亦同。
三讀條文也規定，董事長初任不得超過65歲，任期屆滿前年滿70歲，應即更換，但有特殊考量，經行政院核准者，不在此限。而董事長、董事、監事均為無給職。
另外院會也通過5項附帶決議，科技部、太空中心在條例完成立法施行後5個月內，訂定利益迴避相關規定；太空中心在條例完成立法施行後3個月內，訂定人事晉用徵選、旋轉門相關規章，旋轉門需送科技部備查。
太空中心也因改為行政法人後，採購不再適用政府採購法，因此要求在條例完成立法施行後3個月內，訂定適用採購規章，送科技部備查。另外也要求科技部，在條例完成立法施行後5個月內，制定績效評鑑辦法，並送立法院備查。
