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目前我國政府在實施重大交通建設時已順應世界潮流，規劃思維以落實生物多樣性保育及永續發展為基礎、安全為導向，期望能減少工程對生態系統的傷害程度，達成自然與人類共存共榮的目標。該路段主要由隧道（63％）和橋梁（22％）為主體，其餘由平面道路（15％）銜接。蘇改處在兼顧道路開發與自然生態保護的原則下，當初規劃之初即以以迴避、縮小、減輕、補償之友善環境策略進行相關工程設計與施作，並積極規劃設置友善野生動物設施，以維護當地生物多樣性建全。
特生中心101年起即受委託協助進行施工階段及營運期間兩階段之指標生物研究及生態監測，直到111年底，總計包括11項子計畫12項工作項目的研究計畫，主要根據動物習性及棲地特徵設置樣區、選擇適合的調查方法按季節進行調查研究。至110年止全線已發現哺乳類44種、鳥類220種、爬蟲類38種、兩棲類22種、淡水魚類39種、蝦類19種、蟹類10種，鱗翅目蛾類1,401種、維管束植物917種等，各類調查研究資料累計超過20萬筆，代表當地涵養著豐富而多樣的野生動植物。
其中包括許多台灣珍稀保育類或特有物種，如台灣野山羊、林鵰、環頸雉、叢花百日青等，以及當地新紀錄種，如黃喉貂、玄彩蝠、台北樹蛙等。
然而，重大工程施作時一定會造成原棲地的干擾與破壞，其中最主要為造成棲地破碎化，進而影響當地生物的生存。這些因工程產生的棲地切割與劣化後，要如何保有棲地回復的潛力及創造連結性，為當地生物族群存續的關鍵因素之一。特生中心研究團隊調查發現，當地不同物種歷經工程施工之干擾影響及族群變動趨勢雖不盡相同，但所幸蘇花改工程主要是以橋梁及隧道為主，並且在工程施作期間無大量破壞環境棲地情形，完工後也能盡量回復原棲地樣貌，並參考生物特性於道路工程的適當位置設置生態友善措施、栽植合適的本土樹種以維護棲地等，因此在營運通車後多數生物族群量已逐漸回復，不僅如此，在蘇花改通車營運後道路的路殺現象也遠低於一般道路。
綜上，若政府在考量國人生活品質與交通便利下而進行重大建設之開發案的同時，能對當地生態環境有多一份瞭解，並對生態棲地和生物多樣性保育加以考量與規劃，則將有助於創造國家發展與生態保育雙贏的局面。蘇花公路改善的工程安全考量與環境友善措施，將是未來作為道路工程與生態永續共存雙贏的典範。
