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而另一種說法則與寧靖王朱術桂有關,據說「普濟寺」是朱術桂常去遊憩之地,因為朱術桂為王爺之尊,「普濟寺」因而改稱為符合其王爺身分的「普濟殿」;也有朱術桂賜名為「普濟殿」的說法。而在台灣流傳甚廣的「嘉慶君遊台灣」中,則由身為太子的嘉慶君改名。
根據傳說,台南的整體地形像一隻展翅鳳凰,有「鳳凰城」之稱,赤崁樓蓋在鳳凰的頭上,而普濟殿則位於鳳凰的鼻子之上。據說舊時代在普濟殿附近的街道四通八達,呈現八卦網狀,可以網住整個府城,因而普濟殿的風水稱為「蜘蛛結網穴」。但隨著多年來的市區改正,昔年的「蜘蛛結網穴」只能留在想像之中。
2015年台南市爆發登革熱疫情,普濟殿依照古禮點雄黃、起硫磺、灑淨水、驅瘟疫,以普濟殿為中心向外,在各個大街小巷驅除瘟疫。廟方曾表示這些儀式是老祖先常用的,或許沒有科學根據,但可以撫平慌張的人心。如同當年北部爆發SARS疫情,眾人束手無策時,轉向尋求青山宮靈安尊王是一樣的道理,神明是台灣傳統社會的最後一道防線。
由於普濟殿是寧靖王朱術桂生前常去遊憩之地,所以自從2011年華山殿開始舉辦寧靖王回府城的活動之後,普濟殿也成為寧靖王神轎必然會拜訪之地,畢竟在2011年之前,寧靖王可是三百多年沒拜訪這個祂熟悉的地方了。