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因此，工會認為，馬偕醫院作為台北市最大的私立醫院，卻做出如此規定，顯然是知法犯法、侵害員工權益，相當匪夷所思，ACLS急救訓練耗時2天，以特休方式處理，可為醫院省下數十萬元成本，堪稱是醫療崩壞的一大幫兇。
馬偕醫院企業工會理事長臧汝芬醫師表示，屆時將偕同醫師工會陪同勞檢員實地訪查。工會要求，針對醫院的違法行徑及其違法獲利，應處以最高罰鍰金額100萬元，且應依據實際受影響案件數累計，並強調「政府單位應該以明確且嚴格的罰則樹立榜樣，讓醫院不敢再有違法情事，落實執行勞基法」。
馬偕醫院對《NOWnews今日新聞》解釋，所給的「特休」中，除了《勞基法》規範、一般意義上的「特休」以外，另有算入訓練所需的「公假」天數，其餘才是優於《勞基法》的特休休假待遇。因此，馬偕醫院表示，院方在請醫師請假參與訓練時，會請醫師勾選「特休」、而非「公假」，但本質上仍是「公假公費」。
此外，馬偕醫院強調，ACLS訓練從課程到考核僅2天，所以不會出現佔用到《勞基法》規定天數的情況，對於此次事件造成的誤解，院方會再進行內部討論。
然而，台北市醫師職業工會回應怒批，馬偕醫院的言下之意是，原本給的年休已經優於勞基法規定天數，多出來的都算公假，拿來上課剛好，但守法只是及格，何況馬偕開出14天的特休來招募醫師人力，實際上卻請不到假，甚至被當成公假、被迫拿來上課，馬偕醫院卻自認是給予勞工天大的恩惠，此說法不僅讓工會傻眼，相信勞檢員聽到也會搖頭。
工會也要求，馬偕醫院稱此事件為工會誤解，院方會再內部討論，但工會嚴正要求馬偕醫院讓工會參與，有任何影響受僱醫師勞動條件的決策，應切實傾聽基層聲音，若馬偕醫院因此砍年休或對受僱醫師有不利待遇，為了維護會員權益，北市醫師工會會將偕同馬偕醫院企業工會發起後續爭議行動。
關於馬偕醫院相關爭議，勞動部勞動條件及就業平等司司長黃維琛接受《NOWnews今日新聞》採訪時表示，優於法令的部分，要看勞資雙方當初在簽訂勞動契約時，有無明訂會有2天假得去上訓練課程。
黃維琛說，雖然這部分聽起來比較像公假性質，但只要一開始有講清楚就沒問題；若勞動契約沒有明確訂定，勞工認為14天都是可自主安排的休假，卻突然被告知要請特休去上訓練課程，雇主可能違反勞動契約，勞工可以向地方勞工局提出申訴，勞工局會處理、協調雇主履約。
但黃維琛表示，雖然口頭約定也算數，但得想辦法舉證，另外，若訓練課程天數多，已經使用到《勞基法》規定的特休天數時，雇主就有違法疑慮，可處2至100萬元罰鍰，並公布事業單位名稱、負責人姓名。
