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1994年國民大會臨時會完成第三次憲法增修條文，確認1996年實施首度直接民選總統，為了影響1996年3月23日我國首次舉行的總統直接民選，1996年3月8日至3月25日期間，中國再度對台文攻武嚇，包括飛彈落在基隆與高雄外海，共軍選在距離台灣最近的平潭島進行兩棲登陸演習，傳聞共軍將攻佔金馬外島，外島駐軍全副武裝、寫好遺書隨時備戰。
為了穩定台海，美國在兩次飛彈危機都派遣航空母艦前往台海。1995年12月19日，尼米茲號航艦戰鬥群通過台灣海域。1996年3月8日，美國宣布獨立號航艦戰鬥群部署在台灣東北海域。1996年3月11日，美國決定再從波斯灣調派尼米茲號航艦戰鬥群前往台灣東部海域，並與獨立號航艦戰鬥群會合。
面對中國軍事威脅，時任李登輝總統曾說，「你（中國）有槍砲、飛彈，我有18套劇本因應」。1996年大選，李登輝攜手副手連戰，打敗民進黨提名的正副總統候選人彭明敏與林洋港，以過半數得票率連任。事後李登輝回憶表示，「18套劇本」說法是為了穩定民心，避免民眾恐慌。
1990年代，國防部軍事情報局發動「少康專案」，吸收共軍少將劉連昆，為台灣軍方提供情報。李登輝96年飛彈危機當時說共軍飛彈是「啞巴彈」，引發中國不滿，劉連昆遭中國逮捕並判處死刑，為劉連昆遞交情報的楊銘中則被捕囚禁，在中國監獄服刑20年才獲得釋放。
